种子法第55条规定，农业、林业行政主管部门是种子行政执法机关。这是针对目前工商、技术监督部门无力承担种子执法任务的情况而制定的。按照种子管理条例的规定，各级农业行政主管部门是农作物种子的执法主体。但农业行政主管部门至今没有建立起种子执法队伍，种子执法职能一直由既无法律、法规授权，也无规章明确委托的种子管理站承担；另一方面，种子管理条例规定种子市场管理、质量管理由工商部门负责，《产品质量法》又规定技术监督部门负责质量管理工作，而事实上，由于种子的特殊性，使得种子行政管理的专业性、技术性很强，无论是工商部门，还是技术监督部门，都没有能力单独具体执法，需要农业部门的配合，而农业部门又没有执法权限。这种状况严重制约了种子法律制度的有效实施，也不符合《行政处罚法》有关执法主体的规定。为改变这种种子执法严重滞后的状况，种子法确定了农业、林业行政主管部门为种子执法机关，负责种子的全面管理，及时查处假劣种案件。种子执法人员依法执行公务时，应当出示行政执法证件。如出示《中国种子管理员证》和佩戴《中国种子管理》胸章，向管理对象表明身份，以依法行使职权，履行职责。农业、林业行政主管部门为实施种子法，可以进行现场检查。
第57条规定，国务院农业、林业行政主管部门和异地繁育种子所在地的省、自治区、直辖市人民政府应当加强对异地繁育种子工作的管理和协调。
第58条规定，农业、林业行政主管部门在依照种子法实施有关证照的核发工作中，除收取所发证照的工本费外，不得收取其他费用。
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